Non so se è fattibile, tu prova e poi se non funziona ti suggerisco una nuova idea.

Allora:

metti il javascript in un file .php
richiamalo inserendolo dall'esterno
in una funzione là dentro metti il codice php da eseguire.

Nel caso non funzionasse puoi sempre fare così:

Apri una finestrar popup (piccolina) meglio ancora una finestra popunder (di quelle che stanno sotto la finestra principale, così l'utente non la vede più di tanto). Nella finetstra trovi la pagina che ti fa fare il logout (in php). Terminato il tutto usi una window.close() così all'utente non sembrerà di aver una nuova finestra!