Stai confondendo le due cose se utlizzi l'include dove il file Js non contiene i tag <script> in quanto il browser già lo riconosce come js; questa è la soluzione migliore se devi ripetere un file in + pgg.

quindi nella tua pag html inserisci questo tag

<script language="javascript" src="path/nomefile.js"></script>

mentre il tuo js contiene il codice di ricerca

<!-- Begin Cerca

var item = new Array();

// "Nome pagina","percorso","Titolo","parole,chiave,Key,Wor ds","Descrizione e Commenti"

c=0; item[c]=new Array("index.htm","","Titolo","index,main,home,mis sion,missione,obiettivi,homepage,sito","Descrizion e.");
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