Si potrebbe anche sfruttare il motore di Google, con lo svantaggio però di dover aspettare che i file contenuti nella cartella in questione vengano indicizzati.

Partendo dalla struttura di markup:
codice:
<form method="get" action="cerca.php">
   <fieldset>

      <legend>Cerca tra i PDF</legend>

      <label for="q">Parola:</label> 
      <input id="q" name="q" /> 

      <input type="submit" value="cerca con Google" />

   </fieldset>
</form>
Lo script della pagina 'cerca.php' sarà qualcosa di simile:
Codice PHP:
$sito = 'http://www.miosito.it'; // Da adattare alle proprie esigenze
$cartella = '/pdf/'; // Da adattare alle proprie esigenze
$parola = $_GET['q'];

$google_query = 'http://www.google.it/search?q=';
$google_query .= $parola;
$google_query .= '+site:' . $sito;
$google_query .= '+inurl:' . $cartella;

header("Location: $google_query");
exit; 
Dovrebbe andare.