Ci sono un sacco di script già pronti e con qualche ricerca trovi sicuramente spunto.

Cmq è molto semplice.

Su PHP intercetti i file come fai con i dati post o get tramite l'array $_FILES['nomecampofile'].

Se fai un print_r di $_FILES['nomecampofile'] vedrai che contiene un altro array con alcune proprietà dell'upload.
Una di queste, mi pare si chiami tmp_name, ti da il percorso del file uploadato sul server.
Una volta che hai quello puoi fare quello che più ti aggrada.

Sul form basta che ti ricordi di aggiungere l'attributo

codice:
enctype="multipart/form-data"
Informazioni più precise le trovi
qui