Si, probabilmente si, e anche se non fosse quello il problema, non varrebbe la pena visto il peso. Genericamente io uso sempre una serie di cartelle di default, che mi copio di progetto in progetto (dove serve, ovviamente):

assets -> favicon, rilevazione plugin, ecc
classes -> classi server side
include -> file inclusi
movies -> file swf


eccetera. Se applichi un sistema come questo, di quel file te ne puoi allegramente dimenticare..