Tutt'altro che una buona pratica.

Consiglio l'installazione dei programmi nella stessa partizione del sistema operativo proprio perchè questi vanno a modificare chiavi del registro presente nella partizione di sistema, è una convenzione che ti salvaguarda da ipotetici problemi futuri.

In pratica è buona regola tenere su un ipotetico C: il sistema operativo con i programmi e su le altre partizioni , come suggerito da var, i dati e tutto quello che vuoi.