a me sembra tanto ovvio: il dominio va sempre al cliente

(se poi il tuo unico modo per tenerti un cliente è sottrargli la proprietà del dominio forse c'è qualcosa da rivedere nel modo di lavorare)

l'ftp è un altro discorso. dipende da cosa avete stabilito nel contratto (chi aggiornerà il sito? per quanto tempo? etc etc)