non ho capito il tuo secondo commento cmq prova cosė:
codice:
$txt = 'pippo "pluto" e "paperino" vanno "in" cittā';

echo preg_replace('/"(.*?)"/s','<span class="stringae">"$1"</span>',$txt);

// oppure se ci sono virgolette con escape \" da non considerare
// echo preg_replace('/"(.*?)(?<!\\\)"/','<span class="stringae">"$1"</span>',$txt);