Secondo me sono tre le cose che mancano (o meglio che non sono ancora paragonabili rispetto win) a Linux:

1- driver per alcune periferiche.
2- giochi.
3- contenuti multimediali in streaming (soprattutto con DRM).

Forse mancano (oppure se ci sono non sono paragonabili a quelli per win) programmi molto specifici per usi professionali.