Per definire quanto grandi devono essere le partizioni è bene sapere cosa dovrà fare questo server... quali servizi saranno attivi...

Ad esempio:
1. Sarà un server di posta con tot caselle?
2. Oppure un file server interno?
3. ...

Nel secondo caso è chiaro che la partizione in cui monterai la /home avrà molta importanza.

Ciao