Se fai il submit nella stessa finestra ovviamente perdi tutte le variabili e i rferimenti della pagina precedente... dato che ne e' stata caricata una nuova.

Inoltre tu usi document.all, che non e' supportato da tutti i browser...

Potresti evitare di fare il controllo... tanto nella window.open hai valorizzato il nome della finestra da utilizzare, quindi se non esiste gia' la ricrea

ciao