puoi utilizzare il metodo close dell'oggetto window

codice:
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">

<html>
<head>
	<title></title>
</head>

<script language='Javascript'>
var a;
function apriPop()
{
	a = window.open("#")
}
function chiudiPop()
{
	a.close();
}
</script>
<body>
Apri
Chiudi

</body>
</html>