Ciao Daniele.
Per pubblicare il sito c'è l'opzione apposita in build/publish web site .
Le dll non vengono più create come prima ma, le pagine vengono eseguite a runtime.
Se spulci un po' nelle varie opzioni che ti offre vs.net quando premi "publish web site", puoi compilare tutte le pagine in modo che non ci sia più quel fastidioso ritardo alla prima esecuzione.
Facendo questo ti troverai (nella cartella che sceglierai) con diverse dll e non più con una sola avente lo stesso nome del progetto come invece succedeva in passato.
Chiaramente ci saranno anche le dll con i tuoi riferimenti.