come fai tu dovrebbe funzionare fai attenzione solo a 2 cose :
1) Scrivere:
char string[2000] = "dir \"c:\prova prova\"";
è sbagliato perchè non ti riconosce \ dopo c: devi scrivere:
char string[2000] = "dir \"c:\\prova prova\"";
2)Dopo il for che ti copio in string2 devi ricordarti ti terminare la stringa altrimenti si offende di brutto per le operazioni che dovrai fare dopo quindi aggiungi semplicemente dopo il for
string2[(x-4)]='\0';

quindi:

codice:
char string[2000] = "dir \"c:\\prova prova\"";
char string2[2000];

int x;
for (x=4; x < sizeof(string) ; x++) {
   string2[(x-4)]=string[x];
}

string2[(x-4)]='\0';
spero di non aver fatto errori e di esserti stato di aiuto