lato client /root) ti estrai tutti i db (e la struttura) con mysqldump --all-databases

se invece lo vuoi fare lato server (con php per capirci) leggiti le funzioni

DESCRIBE, SHOW, LOAD DATA INFILE, SELECT OUTFILE dalla documentazione

trovi varie combinazioni per esportare. In alternativa trovati degli script già fatti che ti facciano un dump