Sicuramente ricompilare con il daemon running e' come cercarsi problemi.

mi pareva che mysql fornisse i binari e non fosse necessario compilare.... se poi passi da una versione 4 ad una versione 5 mi pare che si debbano lanciare alcuni script di adeguamento release per le tabelle. Esiste poi un collate da tenere in conto.

Ma purtroppo, per mia pigrizia, ho abbandonato da un po' linux perche' devo pure lavorare oltre che fare il meccanico informatico, e quindi non saprei dirti altro che fare una bella pulizia (il backup ce l'hai vero?) e reinstallare tutto. Fermando il daemon of course...