Credo dipenda molto dal metodo tramite il quale viene implementata la registrazione del dominio.
Quello che vedi quando crei un dominio manualmente non è altro che un'interfaccia. Quello che dovresti fare è creare un'"interfaccia" tua che operi con il sistema di registrazione. In pratica devi sapere quale sistema viene utilizzato per registrare i domini e quindi creare uno script che lo faccia. Ma con il solo php non puoi farlo. Devi conoscere il sistema di registrazione.

Oppure puoi creare uno script user. In pratica dovrebbe essere uno script che, come fosse un utente, parsa le pagine dell'interfaccia per poter inserire il dominio. Ma la cosa è molto difficle. prova a contattare l'host. Sicuramente sarà in grado di darti maggiori informazioni.