non hai ricompilato tu il kernel vero ?
allora l'installazione crea il modulo kernel + l'initrd da specificare nel bootloader
quindi se specifichi tutto bene non dovresti avere problemi
un esempio di definizione di grub:
root (hdx,y)
kernel /boot/vmlinuz-xxx root=/dev/hdxx ro apm=power-off vga=791
initrd /boot/initrd.img-yyy
boot
nella directory /boot di ogni sistema trovi i nomi da dare ai due moduli in questione (xxx yyy)