metti un flag che controlla se hai cambiato il contenuto dell'elemento e fai un controllo se cambia quello

codice:
<script>
var changed = false;

function checkText() {
  if (!changed) {
      setTimeout('checkText()', 500);
      return;
  }

  // resto della funzione se l'elemento è cambiato

}


<elemento>.innerHTML = 'testo';
changed = true;
</script>

...
<body onload = 'checkText();'>