certo che è possibile eliminare l'icona.

innanzi tutto non devi mai terminare il programa con End, ma scaricando tutti i Forms in memoria facendone l'unload.

per eliminare l'icona usa questa routine, che devi ovviamente adattare al tuo programma:

codice:
Sub DeleteIcon()
    Dim Tic As NOTIFYICONDATA
    Tic.cbSize = Len(Tic)
    Tic.hwnd = picIconTray.hwnd    'picIconTray è la picturebox in cui risiede l'icona che va sulla Tray
    Tic.uID = 1&
    erg = Shell_NotifyIcon(NIM_DELETE, Tic)
End Sub
Boolean