Bene
Se dalla provvisoria non hai problemi mi sembra un buon segnale: il sistema dovrebbe essere abbastanza integro. Dovrebbe essere sufficiente disabilitare qualche processo che viene caricato all'avvio. Con HijackThis, puoi eliminare le voci 04. Non ti preoccupare, poi le puoi sempre ripristinare dal backup che ti fa HijackThis stesso:"Open te misc tools section"\"Backups".
Il metodo è un po' rozzo ma dovrebbe funzionare:
1) le elimini tutte in una volta sola e riavvii. Se il problema sparisce le ripristini una ad una, riavvianodo ogni volta fino a trovare quella che ti causa il problema.
2) Fai al contrario: ne disabiliti una alla volta. Dai la precedenza a quelle meno importanti: [EPSON Stylus C44 Series], [CTFMON.EXE], [AtiPTA], [ATIModeChange], [Apoint], [CPATR10],...
Io farei nel primo modo, almeno non perdo tempo e so subito se il problema si risolve o no.
Per i servizi ci pensiamo dopo...