Questo è un problema che non c'entra nulla con php, comunque:

1) Il codice javascript funziona allo stesso modo, su un file esterno o direttamente nel codice html.
2) A mio parere nel codice che hai postato non ci sono motivi per malfunzionamenti, escluso il caso in cui vai a modificare la regione prima che l'intera pagina sia caricata. Prova a spostare il codice javascript prima del form, e non dovresti più avere problemi.
3) Dovresti fare attenzione se javascript segnala degli errori
4) Mi sono accorto adesso che il codice html contiene ben tre tag <form>. Perché?