Va tutto nella pagina in cui fai l'update.
Nella pagina in cui visualizzi i record avrai tutte le checkbox deselezionate. A questo punto selezioni i record che vuoi aggiornare, dai il submit e nella pagina che riceve i dati recuperi il value dei record scelti.

se ad esempio tu selezioni i record 1 3 5 la variabile aggiorna conterrà 1,3,5 che è poi la sintassi di mysql che serve a te per fare la query di update.
Spero di essere stato chiaro.

edit:
ah, ricordati che nella pagina in cui visualizzi i record gli input checkbox devono essere del tipo

<input type="checkbox" name="record[]" value="1">

<input type="checkbox" name="record[]" value="2">


quindi con le parentesi [].