Allora..innanzitutto ciao.
L'iframe te lo sconsiglio vivamente.sinceramente non ho capito quale sia l'esatto problema..partiamo dalla strutta iniziale..tu vorresti una colonna a sinistra con una serie di voci presenti nel menu e a destra cosa?
Usare l'include non é nulal di cosi complesso..e ti permetto di avere un file a parte che andrai a ricare in ogni pagina..cosi quando ti troverai con un sito di duecento pagine e vorrai inserire una voce nel menu, ti basterà modificare suddetto file..mi piacerebbe sapere cosa devi aprire nel box affiancato alla colonand el menu...ricorda di separare struttura e presentazione..ai css il compito di presentare i contenuti..
Ciao.