Anche se non hai postato il CSS, presumo che si tratti dell'ormai tristemente famoso bug "3 pixel jog". Questo bug di IE si presenta spesso quando hai blocchi posizionati in modo statico che seguono blocchi flottanti. Prova a fare una ricerca in rete usando come chiave di ricerca il nome di questo bug e potrai trovare esaurienti spiegazioni, oltre al sistema per evitarlo. Cmq, se non erro, su questo forum era già stato affrontato il problema del 3 pixel jog...