No ma.. non devi usarli tutti e due i comandi!!
Usi:
- start se hai la necessita' di farlo partire;
- stop se devi stoppare MySQL;
- restart se devi restartare!

Hai provato a riavviare OS X!!??!!
Se e' un semplice upgrade basta fare il reboot del computer!
Se non risolvi ancora puo' essere un problema di PhpMyAdmin e.. non l'ho mai usato e non so aiutarti!
Guarda se il file in /etc/php.ini abbia la riga:
codice:
mysql.default_socket = $_path_sock_mysql
In genere.. e' /tmp/mysql.sock...