Non capisco proprio dove sia il problema.
Aggiungi al tuo JTree un TreeSelectionListener. Implementi il metodo valueChanged() e, in base al nodo che è stato selezionato, istanzi la classe giusta.
Se nella foglia del JTree hai il nome della classe da istanziare puoi usare il metodo statico [v]forName()[/b] della classe Class per istanziare la classe:
codice:
public void calueChanged(TreeSelectionEvent tse) {
   JTree jt = (JTree) tse.getSource();
   String miaClasse = ...   // Ottengo il nome della classe da istanziare
   
   // Qui la carico e la istanzio
   Class.forName( miaClasse ).newInstance();
}
Ciao.