se ho capito bene, l'errore sta nel fatto che hai invertito l'ordine di eventi, nel tuo script il mouse scompare dopo tre secondi e allo stesso momento appare la clessidra, ma tu vuoi che la clessidra appia subito e il mouse scompaia subito, quindi devi fare al contrario
codice:
on (release) {
	fscommand("exec", "marPiccolo.bat");
	Mouse.hide();
	_root.is_clessidra._alpha = 100;
	intervalID = setInterval(function(){
					Mouse.show();
					_root.is_clessidra._alpha = 0;
					clearInterval(intervalID);
				}, 3000 );
}