forse potresti provare a sostituire i separatori con l'underscore _ che funge da quasiasi carattere (mi pare). Quando fai la sostituzione con php, mentre scorre il numero, se trova un numero lo mette altrimenti ci mette l'underscore, per controllare numero senza separatore ci aggiungi un OR, ottenendo quindi una cosa tipo

WHERE campo LIKE '06_5559845' OR campo LIKE '065559845'

ma non so se č affidabile