Ciao!!
Anche io ho avuto dei problemi simili, il fatto è che aggiornando i i db di AWStats, quest'ultimo non viene eseguito con i privilegi necessari; la cosa si può risolvere in due modi:

1) Aggiungendo l'utente "Everyone" alla cartella dei logs!
2) (Come ho fatto io) Ti crei un file "bat" contenente il comando "c:\inetpub\awstats\wwwroot\cgi-bin\awstats.pl -config=secretofblue.it -update"
in seguito inserisci il file in "operazioni pianificate" e lo lasci eseguire una volta al giorno.

Con quest'ultima soluzione risolvi anche un fastidioso problema di AWStats, ovvero di non aggiornare i logs di più giorni consecutivi.