ciao.
di solito le "funzioni" degli application server sono simili
la scelta dipende molto da cosa devi sviluppare (e dalle aziende). tipo alcuni AS non supportano gli EJB (v.tomcat), geronimo si.
Se sei agli inizi con j2ee ti consiglio tomcat che è facile e leggero.
poi se più in la necessiti anche di un container ejb magari prova a vedere jboss che è molto buono.
ciao