Se utilizzi la modalita' Append i dati vengono accodati. Altrimenti devi usare la Output.

Un file letto e' in Input ... non capisco l'ultima domanda ...

Le righe

codice:
FileOutput = "file1.txt"
Path2 = App.Path & "\" & FileOutput
non e' necessario che stiano nel ciclo ... e' meglio metterle prima del while ...