Beh ... non mi sembra particolarmente difficile imporre una condizione del genere ...

Magari con un attimo di riflessione in piu', ci saresti arrivato facilmente ...

codice:
Private Sub Command1_Click()
    intfile1 = FreeFile
    Open App.Path & "\file2.txt" For Input As #intfile1
    
    While Not EOF(intfile1)
        Line Input #intfile1, rigaFile1
        
        If Left$(rigaFile, 1)<>"*" Then 
           intfile2 = FreeFile
        
           Open App.Path & "\file1.txt" For Output As intfile2
           Print #intfile2, rigaFile1
           Close #intfile2
        
           'Esecuzione del programma che ha in input il file1.txt
        End If     
    Wend
End Sub
A questo punto, per semplificare, anche i nomi dei file li puoi inserire direttamente nelle Open.