Sembra un tipico caso di cecità ai banner (banner blindness).
I tuoi utenti, abituati a banner posizionati in alcune posizioni strategiche, nel guardare le pagine web evitano di concentrare l'attenzione su quelle determinate aree dove di solito sono posizionati i banner e vanno semplicemente oltre.

Per capire meglio la situazione sarebbe utile avere una descrizione del sito e della posizione dei banner prima del restyling.