La finestrella nera è il dos (o meglio un'emulazione del prompt originario).
E' la riga di comando, dove tu puoi agire sul sistema con alcuni comandi (batch) predefiniti.

Qualsiasi programma che crei in C/C++ viene eseguito, se utilizzi le librerie standard, in quella finestra.

Se vuoi invece avere una finestra grafica, devi utilizzare le api di windows, ma è più complicato da fare.