purtroppo tutti i file della cartella temp ti sono necessari: infatti i file .part sono "i futuri file finali", i .part.met sono "le porzioni scaricate" e i .bat sono "la colla dei primi".
questo è l'unico svantaggio del mulo dato che ti crea da principio un ingombro virtuale del file che scarichi e mano mano che il download va ti si incrementa il file con le porzioni fino a che questo non si completa e ti si "include" nel primo.
il consiglio che ti posso dare è: in base alle dimensioni del file (dato che non te li identifica per nome) elimina quelli che hanno una percentuale molto bassa di download completato(es: un 3/5% per un file di 700 MB è niente) e salva solo quelli dove la parte scaricata è significativa.
peraltro puoi anche zipparli.

confermo con la partizione, ottima soluzione, o se magari puoi reperirlo, un altro hd cosi copi e incolli quello che vuoi e sei libero di "piallare" per bene il tuo hd.
ciao