si la partizione la devi creare tu ex novo. e la usi solo come serbatoio per i dati.
a meno che le infezioni non siano nascostedentro i file che stai scaricando no. la possibilità che in un file condiviso ci sia un virus può esistere, anche se molto dipende dal tipo di file che condividi. (molto + facile in archivi zip o rar). in ogni caso il problema è questo: se pensi che i virus possano essere nei file condivisi è inutile che li salvi, poichè ti ritroveresti punto e a capo. se invece ritieni che siano puliti (come è probabile) allora procedi con i backup.
ciao