Attualmente (prima era più veloce) per un sito appena pubblicato può volerci anche più di un mese prima che Google archivi tutte le pagine. E questo per un sito ben fatto.

Devi considerare che lo spider (software che legge i contenuti delle pagine internet) dei motori deve riuscire a conoscere l'elenco completo delle tue pagine e ci sono 3 modi per fare questo:

1) I collegamenti ipertestuali non devono essere in javascript o flash, devono essere in puro codice html e sarebbe bene che si trovassero in pagine statiche. (questo punto dovrebbe essere sempre applicato per un buon posizionamento, non se ne può proprio fare a meno)

2) creare una pagina (o più pagine dato che il tuo portale ha 3000 pagine) con url statica (.html, .htm, .php, .asp insomma senza parametri), magari linkata dalla home page in cui riepiloghi tutte le pagine del tuo sito. In questo modo Google riesce a conoscere l'indice esatto del tuo portale. (procedura un pò lunghetta...)

3) Usare la sitemaps di Google. In pratica grazie ad un software (si trovano in rete e dovrebbe esserci un post in questo forum basta che cerchi) crei in automatica un file .xml che riepiloga tutte le tue pagine. Quindi segnali la mappa.xml a Google.

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Usare il Mod rewrite è senza dubbio la cosa migliore che porta oltretutto benefici incredibili e ti evita di creare una mappa.
In pratica è un sistema che riscrive le url dinamiche in url statiche (quindi puoi inserire anche parole chiavi che oltretutto migliorano il posizionamento.)

Es:

se tu avessi una pagina il cui titolo è "vendita auto" e l'url della pagina fosse:

www.miosito.ext?page_id=34

potresti trasformarla in:

www.miosito.ext/34/vendita+auto.html

Credo che tu riesca a capire i benefici di un url del genere. Oltretutto le url statiche sono graditissime ai motori, mentre le dinamiche creano problemi perchè possono depistare gli spider qualora avessero numerosi parametri.
Se effettui una ricerca sul forum troverai ulteriori informazioni.

Probabilmene per phpnuke ci sarà un modulo che esegue il mod rewrite già bello e fatto.