Io ho risolto in questo modo

ho costruito
[list=1][*]un file css per gli utenti che NON hanno Javascript abilitato (noscript.css)[*]un file css per gli utenti che HANNO Javascript abilitato (script.css)[/list=1]

all'interno dell'head ho richiamato come principale il css noscript.css e successivamente richiamo tramite document.write il file css per gli utenti che hanno JS abilitato (script.css), come scitto in seguito.

codice:
<head>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="/noscript.css" media="screen" />
<script type="text/javascript">
/*<![CDATA[*/
	document.write('<link rel="stylesheet" type="text/css" href="script.css" media="screen" />')
/*]]>*/
</script>
</head>
Nel file script.css possono essere presenti le stesse regole che trovi nel file noscript.css ma con valori diversi o nuove regole.

per fare una prova veloce di funzionamento scrivi
nel file noscript.css
codice:
body{
 color:#000;
 background-color:#fff;
}
nel file script.css
codice:
body{
 color:#fff;
 background-color:#000;
}
e poi abiliti o disabiliti javascript e vedi se funziona


ciao