il problema dovrebbe essere che window.onload è una proprietà, e come tale se fai:
window.onload=funzione1;
window.onload=funzione2;

la seconda istruzione sovrascrive la prima, cioè funzione2 verrà eseguita e funzione1 verrà persa.

Per rimediare puoi fare:
window.onload=function(){funzione1(); funzione2();}

Questo è il problema che ha portato all'abbandono(in teoria,perchè in pratica è ancora molto usata) della proprietà onload in favore di una gestione migliore degli eventi tramite il metodo standard W3C addEventListener(), il quale però non è supportato (ma guarda un po'...) da Internet Explorer, che invece usa il metodo proprietario attachEvent().