Controlla che nella variabile tok ci sia dentro qualcosa prima di usarla per creare x.

codice:
StringTokenizer tok=new StringTokenizer(br.readLine(),""); 
System.out.println(tok); 
x[i][j]=Double.parseDouble(tok.nextToken().trim());//
Vedi cosa ti stampa...e se è vuota o null o ti da ancora l'errore controlla se br.readLine() restituisce qualcosa di valido.

Ciao.