Puoi impostare un valore iniziale che ti indica la cella vuota, qualcosa tipo questo

codice:
for(int i=0;i<array.length;i++) 
   array[i] = -1
for(int i=0;i<array.length;i++) 
   if (array[i]==-1)
      array[i]=in.readInt();
Ciao.