Qualsiasi applicazione VCL Win32 ha un MainForm, e termina quando il form principale viene chiuso. Nel tuo caso, l'applicazione termina proprio per questo motivo: usa la finestra della licenza come MainForm.

Devi creare il form senza usare CreateForm. La chiamata ad Application.Terminate non è invece necessaria.

codice:
var
  LicenseAccepted: Boolean;

Application.Initialize;
Application.Title := 'TitoloProgramma';
FormLicenza := TFormLicenza.Create(nil);
try
  LicenseAccepted := (FormLicenza.ShowModal = mrOk);
finally
  FormLicenza.Free;
end;
if LicenseAccepted then
begin
  Application.CreateForm(TMainForm, MainForm);
  Application.Run;
end;
Ciao!