Hai capito bene il problema e l'array deve essere di double....

Ti posto il contenuto di line che è la stringa in cui viene copiato br.readLine...

ProbesetID MAO.CEL MAO1.CEL MAO2.CEL MAM.CEL
MAM1.CEL MAM2.CEL ZAR.CEL ZOR.CEL ZOR1.CEL
ZOE.CEL ZOE1.CEL ZOE2.CEL
Il numero di colonne e' :13
Il numero di righe e' :2


Ho messo degli spazi casuali nel file originario per testare se mi variasse il numero di colonne o meno...