molte distro lo permettono
debian ad esempio ti permette anche di installare solamente la sua base (300mb )
poi di installare xserver e kdebase non selezionando nessun pacchetto quando chiede la scelta
chiaramente le dipendenze minime le installa sempre altrimenti kde non potrebbe funzionare
con gentoo partendo dal cd puoi ugualmente installare il minimo poi compilarti tutto manualmente dal sistema di base al kernel a kde a xorg (sul sito di gentoo trovi tutte le guide passo per passo )
poi c'è inuxfromscratch http://www.linuxfromscratch.org/ con il quale parti proprio da zero per costruirti il sistema su http://www.linuxfromscratch.org/ trovi anche le guide http://www.pluto.it/files/ildp/lfs/lfs/6.0/

debian http://fabrizio.ciacchi.it/guide.php/sarge.htm dovrebbe essere la piu semplice