forse non ho ben capito, ma perché dici che con la confirm di js non lo puoi fare?

anche se non c'entra nulla con il php, però dovrebbe essere una cosa del genere:

codice:
if(confirm("Sei sicuro di voler continuare l'esecuzione?")) {
  window.location.href="pagina.php";
}else {
  window.location.href="altraPagina.php";
}