prova semmai a rimuovere alacarte e reinstallare gnome-menus libgnome-menu-dev libgnome-menu2 python-gmenu poi prova un update-menus ( se hai debian )

in alternativa prova a rinominare la dir .gnome nella tua home
perde tutti i settaggi ma dovrebbe rimettere le impostazioni di default al riavvio di gnome