non ho ben capito come è strutturato il tutto.. ma io di solito preferisco fare "al contrario"...
ùù
ovvero avre un'unica cartella include dentro cui stannno i file da includere.. e poi in gni directory un file chiamato incpath.php con questo contenuto

define(INCPATH,'../include/');

dove chiaramente il valore varia da directory a directory...

tutti i file che devono fare qualche inclusione a questo punto.. prima includono il file in cui è definita la costante, e poi usano la costante per avre il path corretto.

Se il file incpath.php c'è ed è impostato correttamente in ogni directory, puoi muovere come ti pare i file da directory in directory..

spero di essere stato chiaro