Così ad occhio devi mettere uno stesso datarate dalle immagini si vede che:
il pirmo ha 1038 kbps
il secondo ha 866 kbps

Mi sembra che quando comprimi i file con xvid puoi specificare un datarate.

CMQ la cosa migliore, se puoi, è unire direttamente i filmati della videocamera senza compressione e poi eventualmente comprimerli.