se c'è la versione 4.0.27 NON le supporta..sul manuale c'è scritto che le subqueries sono supportate dalla versione 4.1, quindi quelle precedenti non hanno il supporto...

poi non è che devi fare 1000 cicli...ne basta un in cui ti componi la tua stringa da passare alla seconda query.

codice:
$arrID=array();
$sql1="SELECT id FROM categoria WHERE id =1 OR subcat =1";
$res1=mysql_query($sql1);
while($row1=mysql_fetch_assoc($sql1)){
	array_push($arrID,$row1['id']);
}

$sql2="SELECT id FROM azienda WHERE categoria IN ".implode(",",$arrID);

poi magari lavorando di JOIN lo puoi fare anche con un'unica query, ma questo è il primo codice che mi è venuto in mente.